De medische behandeling bij transgenderisme is in medische kringen behoorlijk nieuw. De discussie die jaren geleden werd gevoerd omtrent behandeling (aanpassing van het lichaam aan de geest) van transseksuele personen lijkt zich te herhalen. Het grootste ethische probleem waar de geneeskunde zich vroeger voor geplaatst zag 'primum non nocere' - helen van zieke lichamen, niet het verminken van gezonde lichamen - steekt ook hier weer de kop op. Daarnaast is er ook een zwart-wit kwestie aan de orde: of je ondergaat een volledige omschakeling van man naar vrouw of omgekeerd, of er gebeurt helemaal niks. Een behandeling die als doel heeft tweeslachtige mensen te creëren, zowel man als vrouw, of noch man noch vrouw, is controversieel, medisch moeilijker te verantwoorden. Ook de sociale consequenties zijn belangrijk: ons mensbeeld bestaat immers voornamelijk uit mannen en vrouwen.
A-gendere mensen, geslachtsloze of dubbelslachtige mensen passen vaak niet in ons maatschappelijk beeld. Bij het vaststellen van interseksualiteit bij geboorte probeert men het kind immers vaak via operatieve behandeling een eenduidig geslacht toe te kennen. Wellicht spelen ook factoren van religieuze aard een rol in een standpunt rond behandeling van transgenderisme. God schiep de mens immers naar zijn evenbeeld, man of vrouw, daar verandert de mens zelf niks aan!

Toch komt de tweedeling man-vrouw en het expliciete onderscheid tussen de seksen meer en meer op de helling te staan. Discriminatie op basis van geslacht mag al langer niet meer en ook het laatste bastion, dat van het huwelijk tussen man en vrouw moest er aan geloven: sinds juni 2003 staat het burgerlijk huwelijk in België (mits voorwaarden) nu ook open voor mensen van hetzelfde geslacht. De toekenning van een geslacht om puur administratieve redenen lijkt steeds minder nut te hebben...

Ook vanuit medische hoek begint men zich meer en meer open te stellen voor de groep van transgenderisten. Immers ook de Standards of Care van de Harry Benjamin International Gender dysphoria Association voorzien voortaan in een protocol ter behandeling van transgenderisme. In België beginnen stilaan een aantal medici of centra behandeling en begeleiding in geval van transgenderisme te voorzien.

Wil men deskundige begeleiding en behandeling ondergaan, dan dient medische behandeling bij transgenderisme in de eerste plaats te bestaan uit een diagnosestelling waarbij een duidelijke vaststelling van de ernst van de gendervariante gevoelens het doel is, alvorens men overgaat tot een vorm van hormonale behandeling. Het verwerven van een vrouwelijker uiterlijk (dan wel mannelijker uiterlijk voor transgenderisten die als vrouw geboren werden) staat hierbij centraal. Een (lichte) borstvorming, heupen, fijnere huidstructuur en gelaatscontouren zijn meestal de grootste wens. Echter een verlies van potentiemogelijkheden zoals bij transseksualiteit is hier meestal niet gewenst. Overleg met de behandelende endocrinoloog is dus aangewezen. Begeleiding door een endocrinoloog is ook bij transgenderisme belangrijk. Gezien het aanbod aan behandelaars bij transgenderisme nog gering is, bestaat de verleiding uiteraard om hormonen aan te schaffen via het zwarte circuit of het internet. Gezien de niet geringe gezondheidsrisico's die hier inherent aan verbonden zijn, valt dit absoluut af te raden.

Geslachtwijzigende operaties staan bij transgenderisme meestal niet op het verlanglijstje, tenzij een borstvergrotende operatie bij als man geboren transgenderisten, of borstamputatie bij als vrouw geboren transgenderisten. Esthetische ingrepen, met name aan het gezicht worden wel vaak als optie gezien.

Logopedie om de stem vrouwelijker te laten klinken, maar zeker epilatie om van mannelijke gelaatsbeharing af te geraken, en/of haartransplantatie worden als erg aantrekkelijk gezien.